Lo spazio verde della Scarzuola è composto a stanze, che separano e collegano la parte consacrata della chiesa e del convento alla parte teatrale.

La zona, ricca d'acqua sorgiva, attira la devozione popolare per una polla terapeutica, fatta sgorgare da San Francesco.
La presenza del lauro nobilis, della rosa selvatica e del cipresso risale a Francesco d'Assisi, che amava mescolare nell'hortus conclusus dei suoi conventi piante medicinali e ornamentali.
Tra le essenze spontanee fondamentale è la scarza, della famiglia botanica Carex: una pianta palustre con foglie lanceolate dentellate che, lasciate seccare e mischiate a fango, servirono a costruire le prime capanne dell'insediamento.
Nella zona acquitrinosa della polla francescana si possono vedere cespugli di scarza.

Tomaso Buzzi utilizzò una parte dell'orto francescano per creare il Giardino di Polifilo.
Questo particolare tema compositivo si ispira al libro dell'Hypnerotomachia Poliphili, stampato a Venezia in volgare italiano nel 1499, dalla tipografia di Aldo Manuzio il Vecchio, e attribuito a Francesco Colonna. L'opera è corredata da splendide xilografie.
Il titolo greco significa "Combattimento amoroso, in sogno, di Polifilo". Polifilo, in lutto per la morte della sposa Polia, parte per cercarla nell'Ade, dove incontra Proserpina.
La regina del Regno dell'Oltretomba gli chiede di superare sette prove, per ricevere come premio Polia viva.
Le avventure si svolgono in una selva e in un meraviglioso edificio, dove l'eroe - guidato da cinque ninfe che personificano i sensi - conosce la signora del luogo Eleuterida (Dea della Libertà).
Il testo è una celebrazione umanistica della bellezza come strumento di conoscenza filosofica.